Biopython

Izvor: Wikipedija
Prijeđi na navigaciju Prijeđi na pretraživanje
Biopython logo

Projekt Biopython zbirka je nekomercijalnih alata otvorenog koda za programski jezik Python koji se upotrebljavaju u računalnoj biologiji i bioinformatici. Sadrži klase koje predstavljaju biološke sekvence i bilješke sekvenci, a može čitati i zapisivati različite formate datoteka upotrebljavanih u bioinformatici. Omogućuje i programski pristup mrežnim bazama podataka o biološkim informacijama, poput onih u NCBI. Odvojeni moduli proširuju mogućnosti Biopythona na poravnavanje sekvenci, strukturu proteina, populacijsku genetiku, filogenetiku i strojno učenje. Biopython je jedan od niza Bio* projekata namijenjenih smanjenju dupliciranja koda u računalnoj biologiji.[1][2][3][4]

Izvori[uredi | uredi kôd]

  1. Chapman, Brad; Chang, Jeff. 1. kolovoza 2000. Biopython: Python tools for computational biology. ACM SIGBIO Newsletter. 20 (2): 15–19. doi:10.1145/360262.360268. S2CID 9417766
  2. Cock, Peter JA; Antao, Tiago; Chang, Jeffery T; Chapman, Brad A; Cox, Cymon J; Dalke, Andrew; Friedberg, Iddo; Hamelryck, Thomas; Kauff, Frank; Wilczynski, Bartek; de Hoon, Michiel JL. 20. ožujka 2009. Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics. Bioinformatics. 25 (11): 1422–3. doi:10.1093/bioinformatics/btp163. PMC 2682512. PMID 19304878
  3. Refer to the Biopython website for other papers describing Biopython, and a list of over one hundred publications using/citing Biopython.
  4. Mangalam, Harry. 1. rujna 2002. The Bio* toolkits—a brief overview. Briefings in Bioinformatics. 3 (3): 296–302. doi:10.1093/bib/3.3.296. PMID 12230038

Vanjske poveznice[uredi | uredi kôd]



P biology.svg Nedovršeni članak Biopython koji govori o biologiji treba dopuniti. Dopunite ga prema pravilima Wikipedije.