Klub je osnovan 1912. godine kao FK Dušanovac, a 1929. godine mijenja naziv u Voždovački SK. Klub 1964. godine osvaja Srpsku republičku ligu i ostvaruje plasman u Drugu saveznu ligu u kojoj igra do 1973. godine, kada se spaja s klubom "Sloboda", te klub otad ima naziv FK Voždovac.
Klub više desetljeća nastupa u nižim ligama SFRJ i SRJ (Srbije i Crne Gore). 2004. godine osvaja Srpsku ligu Beograd i ostvaruje lasman u Prvu ligu Srbije. 2005. godine se klub spaja sa "Železnikom" te preuzima njegovo mjesto u prvoj ligi,[1]
te 2006. godine osvaja treće mjesto u posljednjem prvenstvu Srbije i Crne Gore.
2007. godine ispada iz Superlige Srbije, te do 2012. godine igra u Prvoj ligi Srbije i Srpskoj ligi Beograd, a od 2013. ponovno u Superligi.