Nakon odigravanja doigravanja za prvaka BiH 1998. godine u kojem su sudjelovali klubovi s područja NS BiH (klubovi na bošnjačkom području) i Herceg-Bosne, za 1999. godinu je doigravanje otkazano, te se ponovno igralo 2000. godine između predstavnika Prve lige NS BiH i Prve lige Herceg-Bosne. NS BiH i NS Herceg-Bosne su se organizacijski spojili u novi Nogometni savez Bosne i Hercegovine, te su od sezone 2000./01. počeli organizirati zajednička natjecanja.[1]
U doigravanju je sudjelovalo osam klubova, a prvak je postao Brotnjo iz Čitluka koji je ostvario i plasman u kvalifikacije Lige prvaka, a doprvak u Kup UEFA. Također je bio organizirano doigravanje i plasman u Intertoto kup.
Kako klubovi iz Republike Srpske nisu sudjelovali, ovo je bilo doigravanje za prvaka Federacije BiH.
