Grad se prvi puta spominje 1217. godine pod imenom Zaculcza. Naziv se odnosi na stijene na kojima je prvobitno naselje sagrađeno. Godine 1372. grad je dobio prava i privilegije slobodnog kraljevskog grada. Husniti su 1428. napali i uništili grad kada je veliki dio ljudi pretežno njemačkoga govornog područja napustilo grad. Tijekom 16. stoljeća pripadnici sekte Habaner naselili su se u grad.
Nakon Drugog svjetskog rata, grad je pokušavao iskoristiti svoju poziciju kao okružni grad, za otvaranjem novih poslova, škola i građenje novih zgrada, ali i očuvanje starog dijela grada. Godine 1960. Skalica je postala dio Okruga Senica , To je trajalo do 1996., kada je Skalica postala zaseban okrug.
Danas je Skalica ekonomski najjači grad u regiji Záhorie, jača i od konkuretnog grada Senice, grad postaje i turistička destinacija zahvaljujući sačuvanom centru i povijesnim spomenicima.