Klub je osnovan 2014. godine. Svoju prvu utakmicu igrao je 30. kolovoza 2014. godine protiv NK Stupnika u 3. HNL – Zapad.[2] Utakmica je završila 4:2 za Dinamo II.[3] Tijekom sezone 2014./15. osvojio je 3. HNL – Zapad. Svoju prvu utakmicu u 2. HNL igrao je 15. kolovoza 2015. protiv Hrvatskog dragovoljca. Utakmica je završila 4:0 za Dinamo II.[4] Dana 28. travnja 2022. Dinamo Zagreb je na Maksimiru odigrao humanitarnu utakmicu s Dinamom Kijev. Utakmica je završila 2:2 te je zagrebački Dinamo vodio Damir Krznar, trener Dinama II, a većina igrača Dinama Zagreb koji su igrali susret bili su igrači Dinama II.[5][6]
Zadnji put ažurirano 30. travnja 2022.
Napomena: Zastave označavaju reprezentaciju kako je definirano FIFA-inim pravilima prihvatljivosti. Igrači mogu imati više od jednog državljanstva izvan FIFA-e.